Olá, rsoarez09!
Bom, pelos meus cálculos, é mais barato vc ir até Asunción, de lá para Encarnación e depois para Posadas. E lembre-se que se vc for diretamente para Posadas, vc só vai conhecer as Misiones Argentinas, deixando para trás as Misiones Paraguayas (que pelo que pesquisei estão entre as mais bem preservadas, em especial a da Santísima Trinidad del Paraná, além de perder a própria capital paraguaia!
Aproveite para economizar em passagem e conhecer muito bem cada uma das cidades, visitando as principais atrações de cada, além de algo mais que vc acabe descobrindo na hora (toda cidade tem suas pequenas surpresas!). Só nessas três cidades (Asunción, Encarnación e Posadas), já dá para gastar uma semana!
Beijo e boa viagem!
Mari.