Josy,
Sou de Natal e assino em baixo tudo o que a colega falou! Natal não tem muito esse ar histórico que vc vê em Recife e Salvador, p.ex. O circuito histórico de Natal é bem pequeno (é basicamente Ribeira + Forte dos Reis Magos... tem a Rua Chile tbm, mas acho que lá é mais legal a noite, indo de taxi - tem alguns bares com chorinho, jazz, etc.) dá pra fazer tranquilamente de ônibus, se vc tiver alguma companhia pra ir conversando... acho até que dá pra curtir mais desse jeito.
PIPA VALE MUITO A PENA! Sério! Não deixe de dormir lá!!! O passeio pra Lagoa da Coca-cola (fica em Baia Formosa) eu nunca fiz, mas todo mundo que conheço diz que é iradaço! E outra... acho muito mais legal vc fazer esse passeio pra Barra do Cunhaú e Baia Formosa partindo de Pipa! Não tem comparação (motivo principal: vc perde bem menos tempo na estrada, pq Pipa é praticamente vizinho a BF e BC)
Litoral "norte": recomendo o passeio que vc viu de buggy! O litoral "norte" (que na verdade é nordeste) é muito bonito! Nada comparado à Pipa, mas tem vários lugares legais, como Genipabu, Prainha, Punaú, São Miguel do Gostoso e o astro Maracajaú.
O passeio de buggy não faz Maracajaú para mergulho, então se vc pretende mergulhar (snorkeling), recomendo tirar um dia pra ir em Maracajaú fazer isso (tem mergulho em Pirangi tbm, mas Maracajaú é mais legal, apesar de ser mais longe e consequentemente mais caro).
João Pessoa: não precisa necessariamente excluir do seu roteiro, se vc fizer partindo de Pipa (no caso, de Goianinha). Lá não tem taanta coisa pra se ver... acho que 1 dia dá pra conhecer um monte de coisa e depois voltar pra Natal, a noite.
O passeio de barco pelo litoral sul deve ser o Marina Badauê, que faz o mergulho em Pirangi. Sinceramente, acho R$ 80,00 um preço bem salgado... maaasss... turista é turista! Tem que estar disposto a abrir a mão pra algumas coisas. Tendo que escolher, eu ficaria com o barco no litoral norte (snorkeling nos parrachos de Maracajaú) e faria um "turismo asfáltico" pelo litoral sul de Natal (Cotovelo + Tabatinga - Mirante dos Golfinhos).