Oi;
Já fui duas vezes para Morro de São Paulo e acredito que seja melhor ir até Valença, de lá pegar um barco e depois ir de trator (pó-pó-pó) até Boipeba e o mesmo transporte de volta a Morro.
Outra opção é pegar uma lancha em Morro, que faz um passeio, com parada para mergulho se não me engano, parando em algumas praias até Boipeba e em um Mosteiro que esqueci o nome; esse passeio eu já fiz e é bem legal, porém deve ser um pouco mais caro (de pó-pó-pó eu não fiz).
Outra coisa: você pretende ir de São Paulo parando em outras praias? Porque se não é muito melhor pegar um avião até Salvador e de lá uma barca, ou mesmo ir de ônibus se a passagem aérea estiver cara.
Qualquer dúvida me procura.
Boa viagem , abraço, Felipe.