Acabei de responder um tópico com algumas dicas de praias perto de natal e um pouco de natal também.
Mas vamos ao seu tópico. Em setembro não costuma chover, mas apesar de sermos a cidade do sol as chuvas acontecem sim.
Sobre hotéis indico os que se encontram na Via Costeira, são a meu ver os mais bem estruturados da cidade com opções de lazer dentro deles mesmo e as praias em frente são mais reservadas, diferente de Ponta Negra que é bastante frequentada tanto por turistas quanto por moradores locais. Vai depender do que estilo que você quer. O mais bem avaliado/indicado é o Sehrs, mas existem outros no mesmo patamar e mais baratos também.
Sobre alugar carro não acho algo essencial. A cidade não é enorme e se não for muitos dias de hospedagem o gasto com táxi/uber não chega a ser exorbitante. Agora se forem andar pelo litoral do estado e conhecer outras praias ou passar muitos dias um carro seria uma boa pelo conforto e comodidade.
O passeio de buggy por Genipabu é algo que todo turista que vai a Natal deve fazer, normalmente os hoteis possuem indicação dos buggys credenciados e que fazem esse passeio. Peçam com emoção o passeio.
Tem outro passeio para ir ao cajueiro na praia de Pirangi (considerado o maior do mundo) e o mergulho nos corais que ficam nessa mesma praia realizado pelo Marina Badauê. O mergulho é tranquilo, daqueles sem cilindro que só se mergulha a cabeça com a mascara. Existe outro no mesmo estilo e que possui a opção de mergulho com cilindro sendo que na praia de Maracajaú. Nessa praia também existe o Manoa-Park, um parque aquático mas que sinceramente não chega nem aos pés de um beach park da vida. Ambos os mergulhos valem a pena.
Não deixam de jantar ou almoçar no restaurante Camarões o melhor de Natal, seja no preço seja na comida. A relação custoxbenefício é muito boa. Pratos bem servidos com preços modestos e claro a comida muito boa. Existem duas unidades em Ponta Negra, ambos com mesma qualidade, mas acredito que o mais novo (ultimo a ser construído) seja mais frequentado.
Se tiverem tempo e disposição uma dica é conhecer a praia da Pipa, fica a 1 hora mais ou menos de Natal e com certeza vale a pena a visita. O ideal é passar mais de um dia aqui pela variedade de coisas que tem pra fazer e conhecer, mas vale a pena a visita de um dia também.
Na parte histórica de Natal indica a visita ao forte dos Reis Magos. Existem passeios pelo centro histórico também visitando capitania das artes e outros lugares. Mas os centros de artesanato em ponta negra já possuem uma variedade grande de artesanato.
Espero ter ajudado