Olá Viviane,
Eu estive no Atacama o ano passado e realmente foi incrivel. Que bom que está no seu roteiro. Minha sugestão é você fazer como a Ane e incluir o Salar do Uyuni (Bolívia) no seu roteiro.
Nesse blog você vai entender melhor como fazer a viagem do Atacama até o Salar do Uyuni.
http://viagemcomdestino.com.br/2015/06/04/dia-5-deserto-boliviano/
Você tem a opção de fazer a viagem só de ida e continuar viajando pela Bolívia, ou a viagem de ida e volta retornando a San Pedro de Atacama.
No seu caso, como o seu objetivo principal é o Chile, talvez a segunda opção seja uma boa.
Abraços,
Tatiana