Amanda, também vou começou de abril e vou fazer Rio - Lima - Cusco - Rio.
Compra as passagens todas juntas que sai bem mais barato. Eu comprei pela avianca e foi 1500 tudo.
Quanto a ficar cansada, 15 a 20 dias é bastante tempo, você vai ter tempo de sobra pra descansar, nem se preocupa com isso.
Juliana, Cusco - MP é atraves de um trem que é meio carinho e me recomendaram comprar antes. Tem um que é mais barato ( continua caro, mas é um caro barato). Depois da uma olhada no site da PeruRail.