Olá!
Bacana seu roteiro, fiz um parecido em julho de 2011, só que fiz o caminho inverso, fui a Santa Cruz, passando por La Paz, Copacabana, Puno, Cuzco e fiz a trilha Salkantay.
Seguinte, a princípio não vejo grandes problemas em vcs viajarem em duas meninas, todos estes lugares são cheios de turistas e vcs vão conhecendo o pessoal e vão se ajudando, não vi grandes "perigos" durante a viagem, só gente tentando te enfiar coisas caras e que vc não precisa...
Vcs tem que ficar atentas no transporte que vcs vão pegar e durante o trajeto mesmo, por exemplo quando sai de Copacabana, fomos de ônibus pra Cuzco, passando por Puno. Detalhe, em Copacabana, compramos passagem para um ônibus tipo leito/cama ou cama/leito, não me lembro ao certo, que a princípio iria de Copacabana a Cuzco neste mesmo ônibus, a pessoa que nos vendeu disse isso, a "sorte" foi que antes de embarcarmos o motorista disse que aquele ônibus só iria até Puno e de lá seria outro veículo. Bom, conseguimos depois de uma discussão enorme reaver a diferença que pagamos a mais pelo tipo de ônibus, mas não conseguimos fugir de pegar um ônibus horrivel, sem banheiro, super lotado e com um entra e sai sem fim de gente, destes de filme mesmo e assim não custa ficar atento a sua bagagem, tanto na de mão e a mochila que vai no bagajeiro...Assim, os lugares por onde vc vai passar que eu conheci que vc deve ter derrepente um pouco mais de atenção são Puno e La Paz, mas ainda assim não achei nada demais, só que o povo, principalmente, na Bolivia se puder te cobra mais caro.
Pra levar dinheiro eu achei ótimo o Visa Travel money, é bom vc comprar um money belt também pq de qq jeito algum dinheiro vc vai ter que levar consigo. Como "estepe" levei cartão de crédito internacional, com ele vc pode pagar as compras (é claro) e sacar na moeda local também.
Espero ter ajudado. Abraço.