mggustavo,
Eu também tive o mesmo problema com a PeruRail, porque meu cartão de crédito não é Verified by Visa. Escrevi um email pra eles contando o problema e eles resolveram tudo.
Me mandaram um documento para eu preencher com meus dados e os dados do cartão e autorizando a compra dos tíquetes. Logo em seguida me mandaram os tíquetes por email para eu imprimir. Eles foram muito rápidos no atendimento, toda essa negociação foi feita numa tarde de domingo!
Enviei o email para reservas@perurail.com.
Boa sorte!