Cara no começo desse ano fiz uma trip bem parecida com a sua...
Foi o seguinte fui para avião com a Gol para Santa Cruz e de lá La Paz
Esse trecho é meio longo, mas para um mochileiro tranquilo são 16 hs se td correr bem
Depois em La Paz fui para Copacabana, é uma viagem tranquila e bonita, pois parte dela vc fará beirando o Lago titicaca
De Copacabana fui para Puno e no mesmo dia Cuzco onde somente se chega na manhã seguinte.
De Cuzco fui para Machu Picchu pela trilha Inca clássica (Incrivel), mas não é facil, o segundo dia achei que não conseguirira...mas vale a pena
Observações:
Santa Cruz: não tem muito o que se fazer, mas a praça principal é muito bonita com uma linda igreja, coisa que é comum nos países da America Latina por serem muito catolicos
La Paz: Linda cidade e com um trânsito totalmente maluco mais não deixe de ir em Tiwanaku, Chacaltaya(foda), Trilha de Bike de Coroico.
Copacabana: Linda cidade, e parece que é feita para mochileiros, eles estão por toda parte e todo lugar do mundo. Se puder vá para todas as ilhas possiveis
Puno: Uma cidade feia, não fique mais do que um dia, até pq vc compra em Copacabana a passagem para Cuzco e somente passará o dia em Puno, mas da pra visitar o Mirador
que da vista total para a Cidade e alguns museus e igrejas e a Isla de Flutuantes de Uros.
Cuzco: Essa na minha opinião é a cidade mais bonita de todas que passei nessa viagem, tanto de dia quanto de noite ela é linda. Vale percorrer ela inteira antes de ir para MP.
E vc passa depois de Machu Picchu pela cidade de Aguas Calientes outra linda cidade que fica no meio das montanhas.
Se quiser perguntar algo fique a vontade
Boa Trip